Сюжет игры разворачивается вокруг старинного артефакта под названием Keyblade, обладающего невероятной силой. В связи с пропажей одного из хранителей артефакта - Xehanort'а, мир оказался на грани краха. Трем героям предстоит отыскать хранителя и спасти мир от надвигающейся катастрофы.

У каждого персонажа свои способности, поэтому, в зависимости от выбранного сценария, стиль прохождения игры будет меняться.

В плане геймплея, игра Kingdom Hearts: Birth by Sleep похожа на предыдущие части сериала, и, как и в предыдущих частях, герои путешествуют по сказочным мирам вселенной Диснея.